این رهنمودها که دارای حجم زیاد، همراه با هشدارها و بینش‏آفرینی‌های مکرر می‏باشد، به سابقة توطئه‌ها و ترفندهای قدرت‌های استعماری و عوامل پیدا و پنهان آنان در داخل ایران، برای ایجاد تفرقه و دشمنی بین مراکز حوزوی و دانشگاهی اشاره دارد و از سویی دیگر به صیانت و پاسداری از اتحاد و اقتدار ایجاد شده بین حوزه و دانشگاه در طول مراحل نهضت اسلامی، تصریح می‏نماید. همچنین بخشی از این رهنمودهای آگاهی‏بخش، به جایگاه عناصر اندیشمند این دو مرکز و نقش حیاتی و محوری آنها در ایجاد بسترهای مناسب برای رشد و پیشرفت و تحقق استقلال همه جانبه کشور، اشاره می‏کند.
امام خمینی تصریح کرده که عناصر حوزوی و دانشگاهی، هر دو از منورالفکرها هستند6 و تبلیغات استعمار خارجی و عوامل داخلی آنان که با حربه‌هایی چون «فناتیک» (متعصب) دانستن روحانیون و «بی دین» نامیدن دانشگاهیان، سعی در ایجاد دافعه و گریز در میان این دو قشر داشتند، باید طرد و نفی گردد.7
امام خمینی، عالمان حوزه‌ها و دانشجویان دانشگاه‌ها را مغز متفکر جامعه می‏نامد8 و به صراحت اعلام می‏کند که «نه دانشگاهی بدون روحانی می‏تواند به استقلال برسد و نه روحانی بدون دانشگاهی»9 و به این ترتیب، اهمیت وحدت و همگرایی و همفکری حوزویان و دانشگاهیان و آثار ارزشمند آن را گوشزد کرده است.
امام خمینی می‏فرمود:
«باید توجه داشته باشید! باید دانشگاه‌ها و مدارس و همه جا توجه داشته باشند! دانشگاه، پیوند خودش را با فیضیه، محکم کند و فیضیه، محکم کند پیوستگی خودش را به دانشگاه. شما دو قشری هستید که اگر اصلاح بشوید، اصلاح می‌شود ملت‏ها و اگر خدای نخواسته، شما اصلاح نشوید یا منزوی بشوید، مملکتتان و کسانی که می‌توانند در مملکت کاری بکنند، منزوی خواهند شد و قدرت‏هایی که منافع خودشان را از دست داده‏اند، به میدان می‌آیند و یک حکومت وجیه‏المله می‌آورند روی کار و آن حکومت وجیه‏المله، تمام چیزهای ما را به باد فنا خواهد داد»!10

وصیت¬نامة الهی و سیاسی
امام خمینی در وصیت‏نامه الهی و سیاسی خود چنین نوشت:
«توصیه این جانب، آن است که نسل حاضر و آینده، غفلت نکنند و دانشگاهیان و جوانان برومند عزیز، هر چه بیشتر با روحانیان و طلاب علوم اسلامی، پیوند دوستی و تفاهم را محکم‏تر و استوارتر سازند و از نقشه‌ها و توطئه‌های دشمن غدار، غافل نباشند و به مجرد این که فرد یا افرادی را دیدند که با گفتار و رفتار خود، در صدد است بذر نفاق بین آنان افکند، او را ارشاد و نصیحت نمایند و اگر تأثیر نکرد، از او روگردان شوند و او را به انزوا کشانند و نگذارند توطئه، ریشه دواند که سرچشمه را به آسانی می‏توان گرفت».